Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc là tiền thân của Bệnh viện đa khoa thị xã Châu Đốc và được thành lập năm 2006. Nhận nhiệm vụ khám và điều trị cho bệnh nhân BHYT trong và ngoài thị xã.

 Bệnh viện thị xã nhận nhiệm vụ quản lý điều trị chủ yếu cho bệnh nhân BHYT,  Cán bộ diện bảo vệ sức khỏe Cán bộ, trẻ dưới 6 tuổi, người già, người nghèo, nhân dân trong Thị xã và bệnh nhân BHYT của 9  xã thuộc huyện lân cận. Tháng 6 năm 2012, Bệnh viện được công nhận Bệnh viện hạng III và được Sở y tế giao chỉ tiêu giường bệnh là 50.

Tháng 07/2013, Bệnh viện đa khoa thị xã Châu Đốc được nâng cấp thành Bệnh viện đa khoa thành phố Châu Đốc, với chỉ tiêu giường bệnh là 80 giường.

Năm 2018, thực hiện sáp nhập giữa Bệnh viện đa khoa thành phố Châu Đốc và Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc nay là Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc (2 chức năng)

Hàng năm, bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ y tế, bệnh viện còn cử cán bộ phục vụ y tế các ngày Lễ tại địa phương, tham gia đề án 1816 của Bộ y tế, khám sức khỏe NVQS cho các thanh niên trên địa bàn thành phố. Cử cán bộ y tế tham gia học các lớp ngắn hạn để nâng cao trình độ tay nghề, phục vụ nhân dân ngày một tốt hơn.